آموزش استفاده از ریکسیس

پایگاه داده Reaxys به عنوان ابزاری حیاتی برای پژوهشگران شیمی، داروسازی، و علوم مرتبط، امکان دسترسی به مجموعه‌ای بی‌نظیر از اطلاعات ترکیبات شیمیایی، واکنش‌ها، خواص فیزیکی و شیمیایی، پتنت‌ها و مقالات علمی را فراهم می‌آورد. این پلتفرم با توانایی‌های جستجوی پیشرفته و ابزارهای تحلیل سنتز معکوس، به کاربران اجازه می‌دهد تا با کارایی بالا، دانش لازم برای تحقیقات خود را استخراج و به کار گیرند.

آشنایی با Reaxys و راهکارهای دسترسی

Reaxys صرفاً یک پایگاه داده نیست، بلکه یک اکوسیستم تحقیقاتی قدرتمند است که دسترسی به اطلاعات تخصصی و جامع را در حوزه‌های مختلف شیمی، از شیمی آلی و معدنی گرفته تا داروسازی و علوم مواد، تسهیل می‌کند. این ابزار از منابع تاریخی غنی مانند Beilstein و Gmelin تکامل یافته و محتوای گسترده‌ای را شامل می‌شود که فراتر از داده‌های خام، به تحلیل‌های پیچیده و برنامه‌ریزی سنتزی می‌پردازد.

معرفی عمیق Reaxys

Reaxys در سال ۲۰۰۹ توسط الزویر معرفی شد و ترکیبی از محتوای سه منبع معتبر شیمیایی را ارائه می‌دهد: پایگاه داده Beilstein برای شیمی آلی، پایگاه داده Gmelin برای شیمی معدنی و آلی‌فلزی، و دیتابیس پتنت‌ها و نشریات. این ترکیب، گستره‌ای بی‌نظیر از اطلاعات را برای بیش از ۱۰۰ میلیون ترکیب شیمیایی، ۳۰۰ میلیون واکنش، و بیش از ۱۶ هزار مجله و ۱۰۵ دفتر ثبت اختراع فراهم می‌کند. حوزه‌های پوشش‌دهی Reaxys شامل شیمی، داروسازی، بیوشیمی، علوم مواد، محیط زیست، و بیوتکنولوژی می‌شود و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا از داده‌های زیست‌فعالیت، طیف‌سنجی، خواص فیزیکی و شیمیایی نیز بهره‌مند شوند. این حجم عظیم از داده‌ها به کاربران کمک می‌کند تا به کشف‌های جدید دست یابند، مسیرهای سنتزی را بهینه‌سازی کنند و فرآیندهای صنعتی را بهبود بخشند. توانایی‌های پیشرفته Reaxys آن را به ابزاری ضروری برای هر محققی در علوم شیمی تبدیل کرده است.

روش‌های دسترسی به Reaxys

دسترسی به Reaxys عمدتاً از طریق اشتراک‌های پولی صورت می‌گیرد، اما راه‌های مختلفی برای این منظور وجود دارد. ایران پیپر به عنوان یک پلتفرم معتبر، دسترسی به این پایگاه داده ارزشمند را برای کاربران ایرانی فراهم می‌کند. این بخش به تفصیل به چگونگی دسترسی به Reaxys می‌پردازد.

ثبت نام و ورود به حساب کاربری

پس از تهیه اشتراک، کاربران باید در وب‌سایت Reaxys ثبت نام کرده و وارد حساب کاربری خود شوند. این فرآیند شامل ایجاد یک نام کاربری و رمز عبور است. در صورت فراموشی رمز عبور، امکان بازیابی آن از طریق گزینه “Forgot your password?” وجود دارد.

خرید اکانت Reaxys از طریق ایران پیپر

برای کاربران ایرانی، تهیه مستقیم اکانت Reaxys ممکن است با چالش‌هایی همراه باشد. ایران پیپر این فرآیند را تسهیل کرده و امکان خرید اکانت Reaxys را به صورت کوتاه‌مدت یا بلندمدت فراهم می‌آورد. این روش، یک راهکار مطمئن و مقرون‌به‌صرفه برای دسترسی پایدار به این پایگاه داده است. با مراجعه به بخش اشتراک‌های سایت ایران پیپر، کاربران می‌توانند با پرداخت ریالی، اکانت مورد نظر خود را تهیه کرده و بلافاصله به Reaxys دسترسی یابند. این پلتفرم همچنین به عنوان یک مرجع برای دانلود مقاله و دانلود کتاب شناخته شده است و می‌تواند نیازهای پژوهشگران را در مراحل بعدی تحقیقات برآورده سازد.

دسترسی سازمانی/دانشگاهی

بسیاری از دانشگاه‌ها و مؤسسات تحقیقاتی در سراسر جهان، اشتراک سازمانی Reaxys را برای دانشجویان، اساتید و پژوهشگران خود فراهم می‌کنند. در این حالت، کاربران می‌توانند از طریق شبکه داخلی دانشگاه (IP دانشگاه) یا با استفاده از VPN سازمانی خود به Reaxys دسترسی پیدا کنند. گزینه “Sign in via your institution” در صفحه ورود Reaxys، این امکان را فراهم می‌آورد. برای کاربران ایرانی، برخی از مؤسسات ممکن است این نوع دسترسی را فراهم آورده باشند که می‌توان از طریق کتابخانه‌های دانشگاهی خود پیگیر این موضوع شد.

تور مجازی رابط کاربری Reaxys

رابط کاربری Reaxys به گونه‌ای طراحی شده که هم برای کاربران تازه‌کار و هم برای متخصصان، قابل استفاده باشد. شناخت بخش‌های اصلی این رابط، گامی اساسی در استفاده مؤثر از آن است. نوار ابزار اصلی شامل بخش‌های Query (جستجو)، Results (نتایج)، Synthesis Plans (برنامه‌های سنتز)، History (تاریخچه)، My Alerts (هشدارهای من) و My Settings (تنظیمات من) است. هر یک از این بخش‌ها وظایف خاصی را بر عهده دارند که در ادامه به تفصیل توضیح داده می‌شوند.

صفحه اصلی Reaxys به گونه‌ای سازماندهی شده است که به کاربران امکان می‌دهد به سرعت به ابزارهای کلیدی دسترسی پیدا کنند. بخش “Preferences” در My Settings به کاربر اجازه می‌دهد تا تنظیمات شخصی، از جمله ویرایشگر ساختار پیش‌فرض (MarvinJS یا ChemDrawJS) و نحوه نمایش نتایج را شخصی‌سازی کند. این قابلیت‌ها بهینه‌سازی تجربه کاربری را بر اساس نیازها و ترجیحات فردی ممکن می‌سازد. با سفارشی‌سازی این تنظیمات، می‌توان بهره‌وری در کار با Reaxys را به میزان قابل توجهی افزایش داد.

ابزارهای جستجو در Reaxys: از ساده تا پیچیده

Reaxys با ارائه ابزارهای جستجوی متنوع، از جستجوی سریع و آسان تا ساخت کوئری‌های پیچیده با ویرایشگر ساختار و Query Builder، امکان دسترسی به دقیق‌ترین اطلاعات شیمیایی را فراهم می‌کند. این ابزارها برای پاسخگویی به نیازهای مختلف کاربران، از دانشجویان تا پژوهشگران حرفه‌ای، طراحی شده‌اند.

جستجوی سریع (Quick Search): دروازه‌ای به اطلاعات

جستجوی سریع، ساده‌ترین و معمول‌ترین روش برای شروع کار با Reaxys است. این ابزار به کاربران اجازه می‌دهد تا با وارد کردن کلیدواژه‌ها، نام ترکیبات، واکنش‌ها یا عبارات علمی، به سرعت به اطلاعات مورد نظر خود دست یابند. قابلیت “Auto Suggest” در این بخش، به کاربران کمک می‌کند تا با ارائه پیشنهاداتی از مواد شیمیایی و مفاهیم مرتبط، جستجوی خود را دقیق‌تر و سریع‌تر انجام دهند.

در Quick Search می‌توان انواع مختلفی از اطلاعات را جستجو کرد: “Topics & Keywords” برای یافتن مقالات و مفاهیم، “Substances” برای ترکیبات شیمیایی، “Reactions” برای واکنش‌های شیمیایی، و “Documents” برای اسناد علمی. پس از وارد کردن عبارت جستجو، با کلیک بر روی دکمه جستجو، نتایج به صفحه پیش‌نمایش منتقل می‌شوند و کاربر می‌تواند دسته‌بندی‌های مختلف نتایج را مشاهده کند. این سهولت در استفاده، Quick Search را به نقطه شروعی ایده‌آل برای بسیاری از تحقیقات تبدیل می‌کند.

ویرایشگرهای ساختار (Structure Editors): طراحی هوشمندانه

ویرایشگرهای ساختار در Reaxys، قلب جستجوهای ساختاری هستند و به کاربران اجازه می‌دهند تا ساختارهای شیمیایی را به صورت دستی طراحی کرده یا از طریق فرمت‌های استاندارد وارد کنند. این ابزارها برای محققانی که با ساختارهای پیچیده سروکار دارند، ضروری است.

معرفی و مقایسه MarvinJS و ChemDrawJS

Reaxys دو ویرایشگر ساختار اصلی را ارائه می‌دهد: MarvinJS و ChemDrawJS. MarvinJS به دلیل رابط کاربری ساده و کارآمدش شناخته شده است و برای طراحی سریع و آسان ساختارها و واکنش‌ها بسیار مناسب است. از سوی دیگر، ChemDrawJS ابزاری پیشرفته‌تر با امکانات وسیع‌تر است که کنترل دقیق‌تری بر جزئیات ساختار و نمایش گرافیکی فراهم می‌کند و برای کاربرانی که به ابزارهای تخصصی‌تر عادت دارند، ایده‌آل است. کاربران می‌توانند ویرایشگر پیش‌فرض خود را در بخش “My Settings” انتخاب کنند.

راهنمای گام‌به‌گام طراحی ساختارهای شیمیایی

طراحی ساختار در این ویرایشگرها فرآیندی بصری است. کاربران می‌توانند اتم‌ها را از جدول تناوبی انتخاب کرده و با کشیدن پیوندها (یگانه، دوگانه، سه‌گانه، آروماتیک)، ساختار مورد نظر را بسازند. ابزارهای پیشرفته‌ای مانند ترسیم حلقه‌ها، افزودن گروه‌های عاملی، و تنظیم استریوشیمی نیز در دسترس هستند. برای ترسیم واکنش‌ها، می‌توان مواد اولیه و محصولات را در کنار هم طراحی کرد و با استفاده از فلش‌های واکنش، فرآیند را نشان داد. این قابلیت، به محققان در پیدا کردن واکنش‌های شیمیایی در ریکسیس کمک شایانی می‌کند.

وارد کردن ساختار از طریق نام، SMILES/InChI، یا بارگذاری فایل

علاوه بر طراحی دستی، می‌توان ساختارها را از طریق نام شیمیایی، شماره CAS Registry Number، یا فرمت‌های خطی مانند SMILES (Simplified Molecular-Input Line-Entry System) و InChI (International Chemical Identifier) وارد کرد. همچنین، امکان بارگذاری فایل‌های ساختاری (مانند MOL یا SDF) نیز وجود دارد که به کاربران اجازه می‌دهد تا ساختارهای ذخیره‌شده را به راحتی مورد استفاده قرار دهند. این انعطاف‌پذیری، جستجوی ترکیبات شیمیایی در Reaxys را به روش‌های مختلف ممکن می‌سازد.

تنظیمات جستجوی ساختاری

پس از طراحی یا وارد کردن ساختار، می‌توان پارامترهای جستجو را تنظیم کرد. گزینه‌هایی مانند “Exact Match” برای یافتن همان ساختار دقیق، “Substructure” برای جستجوی ساختارهایی که حاوی زیرساختار مورد نظر هستند، و “Similarity Search” برای یافتن ساختارهای مشابه (بر اساس معیارهای شباهت شیمیایی)، امکان‌پذیر است. این تنظیمات، دقت و گستردگی نتایج جستجو را به شدت تحت تأثیر قرار می‌دهند و به کاربر اجازه می‌دهند تا دقیقاً آنچه را که نیاز دارد، پیدا کند.

Query Builder: جستجوی پیشرفته و دقیق

Query Builder ابزاری قدرتمند در Reaxys است که به کاربران امکان می‌دهد کوئری‌های پیچیده و چندوجهی را با ترکیب فیلدهای مختلف ایجاد کنند. این ابزار فراتر از جستجوی ساده عمل کرده و امکان جستجوی دقیق بر اساس خواص فیزیکی و شیمیایی، شرایط واکنش، اطلاعات بیولوژیکی و حتی جزئیات پتنت‌ها را فراهم می‌کند.

مفهوم و قدرت Query Builder

Query Builder به کاربران اجازه می‌دهد تا با کشیدن و رها کردن بلوک‌های جستجو، عبارت‌های منطقی را برای فیلتر کردن نتایج ایجاد کنند. مثلاً، می‌توان جستجویی برای یافتن “موادی با نقطه ذوب بین ۱۰۰ و ۲۰۰ درجه سانتی‌گراد که در واکنش‌های با بازده بالای ۹۰٪ استفاده شده‌اند و در پتنت‌های منتشر شده در سال اخیر ذکر شده‌اند” طراحی کرد. این سطح از جزئیات، Reaxys را به یک ابزار بی‌نظیر برای تحقیقات عمیق تبدیل می‌کند.

نحوه استفاده از رابط کاربری Drag & Drop

رابط کاربری Query Builder بصری و کاربرپسند است. فیلدهای مختلف جستجو (مانند Substance properties, Reaction properties, Bioactivity, Document properties) در سمت راست صفحه به صورت بلوک‌های قابل کشیدن نمایش داده می‌شوند. کاربر می‌تواند بلوک‌های مورد نظر را به ناحیه مرکزی بکشد و پارامترهای مربوط به هر فیلد را تنظیم کند. به عنوان مثال، برای جستجوی خواص فیزیکی، می‌توان بلوک “Melting Point” را کشید و یک محدوده دمایی را برای آن مشخص کرد. این انعطاف‌پذیری، ساخت کوئری‌های پیچیده را بسیار ساده می‌کند.

ترکیب فیلدهای مختلف

توانایی ترکیب فیلدهای متنوع، نقطه قوت اصلی Query Builder است. می‌توان جستجوی ساختاری را با محدودیت‌های متنی، خواص فیزیکی و شیمیایی (مانند خواص فیزیکی و شیمیایی ترکیبات در Reaxys)، اطلاعات بیولوژیکی، و حتی داده‌های کتابشناختی (مانند نویسنده یا سال انتشار) ترکیب کرد. این قابلیت، استفاده از Query Builder ریکسیس را برای تحلیل‌های چندبعدی ضروری می‌سازد.

کاربرد عملگرهای منطقی (AND, OR, NOT)

برای پالایش و دقیق‌تر کردن جستجو، عملگرهای منطقی AND، OR، و NOT به کار می‌روند. AND برای یافتن نتایجی که همه شرایط را برآورده می‌کنند، OR برای نتایجی که حداقل یکی از شرایط را دارند، و NOT برای حذف نتایجی که یک شرط خاص را دارند، استفاده می‌شود. این عملگرها امکان ساخت کوئری‌هایی با دقت بالا را فراهم می‌کنند.

ذخیره‌سازی و ویرایش کوئری‌ها

کوئری‌های ساخته شده در Query Builder می‌توانند ذخیره شوند و در آینده مجدداً مورد استفاده یا ویرایش قرار گیرند. این ویژگی به پژوهشگران اجازه می‌دهد تا جستجوهای پیچیده خود را برای پروژه‌های بلندمدت یا برای به اشتراک‌گذاری با همکاران، حفظ کنند. ذخیره‌سازی کوئری‌ها در بخش “My Alerts” نیز به کاربر امکان می‌دهد تا از جدیدترین مقالات و داده‌های مرتبط با جستجوی خود مطلع شود.

تحلیل و مدیریت هوشمندانه نتایج

پس از انجام جستجو در Reaxys، مرحله بعدی تحلیل و مدیریت هوشمندانه نتایج است. Reaxys ابزارهای متعددی را برای سازماندهی، پالایش و استخراج اطلاعات از نتایج جستجو ارائه می‌دهد تا کاربران بتوانند به طور مؤثر به داده‌های مورد نیاز خود دسترسی پیدا کنند.

صفحه پیش‌نمایش نتایج (Results Preview)

صفحه پیش‌نمایش نتایج، اولین مرحله پس از اجرای هر جستجو است. در این صفحه، Reaxys نتایج را به دسته‌های اصلی مانند Substances (ترکیبات)، Reactions (واکنش‌ها)، Documents (اسناد) و Commercial Substances (ترکیبات تجاری) تفکیک می‌کند. این تقسیم‌بندی به کاربر کمک می‌کند تا یک دید کلی از نوع و تعداد نتایج در هر دسته به دست آورد و تصمیم بگیرد که بر روی کدام بخش تمرکز کند.

در این صفحه، می‌توان یک مشاهده اجمالی از سه نتیجه برتر هر دسته را نیز داشت. همچنین، گزینه‌هایی مانند “Edit in Query Builder” به کاربر اجازه می‌دهد تا جستجوی خود را مستقیماً از همین صفحه ویرایش کند و “View Results” او را به صفحه کامل نتایج آن دسته خاص منتقل می‌کند. این قابلیت‌ها باعث می‌شوند که کاربر بتواند با سرعت و دقت بیشتری به داده‌های مورد نظر دسترسی یابد و زمان کمتری را صرف مرور نتایج نامربوط کند.

صفحه نتایج (Results Page) و ابزارهای فیلترینگ پیشرفته

صفحه نتایج، مرکز اصلی برای تعامل با داده‌های بازیابی‌شده است. این صفحه شامل ابزارهای فیلترینگ پیشرفته (Facets) در نوار کناری است که به کاربر اجازه می‌دهد نتایج را بر اساس معیارهای مختلف محدود و پالایش کند. این فیلترها شامل وزن مولکولی، سال انتشار، نوع حلال، کاتالیست، نوع واکنش، و بسیاری فیلترهای دیگر می‌شوند که بسته به دسته‌بندی نتایج (Substances, Reactions, Documents) متغیر هستند.

کاربران می‌توانند فیلترها را به صورت “Limit To” (محدود کردن به) یا “Exclude” (حذف کردن) اعمال کنند. این امکان، دقت در یافتن نتایج خاص را به شدت افزایش می‌دهد. در صفحه نتایج، جزئیات کاملی از هر ترکیب یا واکنش، از جمله “Physical Data”، “Bioactivity”، “Spectra”، “Reactions”، “Documents”، و “Commercial Availability” قابل مشاهده است. همچنین، گزینه‌های مرتب‌سازی و نمایش نتایج (مانند نمایش در قالب جدول یا کارت) نیز وجود دارد که به بهینه‌سازی تجربه کاربری کمک می‌کند. این ابزارها برای مدیریت نتایج در Reaxys حیاتی هستند.

امکانات مدیریت و خروجی گرفتن

Reaxys تنها به جستجو و نمایش نتایج محدود نمی‌شود، بلکه قابلیت‌های گسترده‌ای برای مدیریت، ذخیره‌سازی و خروجی گرفتن از داده‌ها نیز فراهم می‌کند که برای پژوهشگران بسیار کاربردی است.

History: بازبینی و استفاده مجدد از جستجوهای قبلی

بخش History (تاریخچه) تمامی جستجوهای انجام‌شده توسط کاربر را ذخیره می‌کند. این ویژگی به پژوهشگران اجازه می‌دهد تا به راحتی به جستجوهای قبلی خود بازگردند، آن‌ها را مرور کنند، یا حتی دوباره اجرا نمایند. این قابلیت در پروژه‌های تحقیقاتی طولانی‌مدت که نیاز به بازبینی و اصلاح مکرر جستجوها وجود دارد، بسیار مفید است. با استفاده از History، می‌توان از اتلاف وقت برای بازسازی کوئری‌های پیچیده جلوگیری کرد.

My Alerts: تنظیم هشدار برای دریافت جدیدترین اطلاعات

با استفاده از “My Alerts”، کاربران می‌توانند برای جستجوهای خاص خود، هشدار تنظیم کنند. به این معنی که هر زمان مقاله، پتنت یا داده جدیدی که با کوئری ذخیره‌شده آن‌ها مطابقت دارد منتشر شود، Reaxys به صورت خودکار به آن‌ها اطلاع می‌دهد. این قابلیت، اطمینان می‌دهد که پژوهشگران همواره در جریان جدیدترین تحولات علمی در زمینه تخصصی خود قرار می‌گیرند و هیچ اطلاعات مهمی را از دست نمی‌دهند.

Export Data: خروجی گرفتن از نتایج در فرمت‌های مختلف

Reaxys امکان خروجی گرفتن از نتایج در فرمت‌های متنوعی را فراهم می‌کند، از جمله Excel (برای تحلیل داده‌ها در صفحات گسترده)، PDF (برای گزارش‌دهی و اشتراک‌گذاری آسان)، SDF (Structure-Data File برای نرم‌افزارهای شیمیایی)، و SMILES (برای نمایش ساختارها به صورت متنی). این انعطاف‌پذیری، ادغام داده‌های Reaxys با سایر ابزارهای تحلیلی و مدیریتی را ممکن می‌سازد. به عنوان مثال، پژوهشگران می‌توانند داده‌های استخراج شده را در نرم‌افزارهای آماری یا نرم‌افزارهای بهترین سایت دانلود کتاب مدیریت رفرنس خود وارد کنند.

Report Generation: ایجاد گزارش‌های سفارشی از داده‌ها

قابلیت “Report Generation” به کاربران اجازه می‌دهد تا گزارش‌های سفارشی از نتایج جستجو خود ایجاد کنند. این گزارش‌ها می‌توانند شامل اطلاعات منتخب از ترکیبات، واکنش‌ها، خواص و منابع باشند. این ابزار برای تهیه مستندات پژوهشی، گزارش‌های آزمایشگاهی، و ارائه‌ها بسیار کاربردی است و به ساده‌سازی فرآیند جمع‌آوری و ارائه اطلاعات کمک می‌کند.

ابزارهای مرتبط با ساختار

در صفحه نتایج، ابزارهای کاربردی متعددی برای کار با ساختارها وجود دارد. “Copy Structure” امکان کپی کردن ساختارها را برای استفاده در ویرایشگرها یا نرم‌افزارهای دیگر فراهم می‌کند. “Find Similar” به کاربر اجازه می‌دهد تا ساختارهای مشابه با ساختار انتخاب‌شده را جستجو کند. “Open in Database” نیز ساختار را در پایگاه‌های داده دیگر باز می‌کند، که برای بررسی‌های متقابل و جامع‌تر اطلاعات مفید است.

سنتز معکوس (Retrosynthesis Query): طراحی مسیرهای ساخت

یکی از پیشرفته‌ترین و انقلابی‌ترین قابلیت‌های Reaxys، ابزار Retrosynthesis Query است. این ابزار به شیمی‌دانان امکان می‌دهد تا مسیرهای سنتز معکوس را برای ترکیبات هدف طراحی و بهینه‌سازی کنند، که در طراحی دارو، کشف مواد جدید و بهینه‌سازی فرآیندهای صنعتی نقش حیاتی دارد.

آشنایی با مفهوم سنتز معکوس

سنتز معکوس یک روش تحلیلی در شیمی آلی است که با شروع از مولکول هدف (Target Molecule)، به صورت گام به گام به عقب برمی‌گردد تا به مواد اولیه ساده‌تر و در دسترس‌تر برسد. ابزار Retrosynthesis در Reaxys این فرآیند را خودکار کرده و با استفاده از داده‌های موجود در پایگاه خود، مسیرهای سنتز ممکن را پیشنهاد می‌دهد. این قابلیت به پژوهشگران کمک می‌کند تا به جای روش آزمون و خطا، با یک رویکرد سیستماتیک، مسیرهای ساخت را کشف کنند.

این ابزار نه تنها مسیرهای سنتزی منتشرشده را نشان می‌دهد، بلکه می‌تواند مسیرهای پیش‌بینی‌شده را نیز پیشنهاد دهد، که این امر در نوآوری و کشف مسیرهای جدید بسیار مهم است. کاربرد سنتز معکوس (Retrosynthesis) در Reaxys فراتر از یک ابزار جستجو است و به عنوان یک دستیار هوشمند در طراحی استراتژی‌های سنتزی عمل می‌کند.

گام‌های استفاده از Retrosynthesis

استفاده از ابزار Retrosynthesis در Reaxys شامل چند گام کلیدی است که با طراحی مولکول هدف آغاز می‌شود و با تحلیل و ذخیره مسیرهای پیشنهادی به پایان می‌رسد.

طراحی یا وارد کردن ساختار ماده هدف (Target Molecule)

اولین گام، طراحی یا وارد کردن ساختار ماده شیمیایی هدف در ویرایشگر ساختار Reaxys است. این کار می‌تواند با استفاده از MarvinJS یا ChemDrawJS، یا با وارد کردن SMILES، InChI، یا بارگذاری فایل MOL انجام شود. دقت در ترسیم ساختار هدف برای حصول نتایج صحیح و مرتبط در سنتز معکوس، بسیار اهمیت دارد.

تنظیم پارامترهای سنتز (Parameters)

پس از تعریف ساختار هدف، کاربران باید پارامترهای جستجوی سنتز را تنظیم کنند. این پارامترها شامل:

• Published vs. Predicted Routes: انتخاب بین مسیرهای سنتزی که قبلاً در مقالات علمی منتشر شده‌اند یا مسیرهایی که توسط Reaxys پیش‌بینی می‌شوند.
• Length & Depth of Synthesis Plans:
  • Full routes: یافتن مسیرهای کامل سنتز.
  • Last step only: محدود کردن جستجو به تنها آخرین مرحله سنتز.
  • Branches per step: حداکثر تعداد شاخه‌های ممکن در هر مرحله از مسیر سنتز.
  • Max. number of steps: حداکثر تعداد مراحل مجاز در کل مسیر سنتز.
• Stop searching if building block is commercially available: اگر ماده اولیه در بازار موجود باشد، جستجو متوقف شود. این قابلیت به صرفه‌جویی در زمان و هزینه کمک می‌کند.
• Assumed yield for reactions without a given yield: تنظیم یک بازده فرضی برای واکنش‌هایی که داده بازدهی مشخصی در پایگاه داده ندارند.

اجرای جستجو (Synthesize)

پس از تنظیم دقیق پارامترها، با کلیک بر روی دکمه “Synthesize”، Reaxys شروع به تحلیل ساختار هدف و جستجوی مسیرهای سنتزی می‌کند. این فرآیند می‌تواند بسته به پیچیدگی ساختار و پارامترهای انتخابی، کمی زمان‌بر باشد. الگوریتم‌های پیشرفته Reaxys، پایگاه داده گسترده واکنش‌ها را بررسی کرده و مسیرهای ممکن را برای رسیدن به مولکول هدف شناسایی می‌کنند.

تحلیل و ذخیره پروژه‌های سنتزی

پس از اتمام جستجو، Reaxys مسیرهای سنتزی پیشنهادی را در صفحه “Synthesis Projects” نمایش می‌دهد. این مسیرها به صورت گرافیکی و سلسله‌مراتبی ارائه می‌شوند و جزئیات هر مرحله به وضوح مشخص است.

مشاهده مسیرهای سنتز پیشنهادی در صفحه Synthesis Projects

صفحه Synthesis Projects، یک نمای کلی از تمامی مسیرهای یافت‌شده را ارائه می‌دهد. هر مسیر شامل یک طرح کلی از مواد اولیه، واسطه‌ها، و محصول نهایی است. کاربران می‌توانند مسیرهای مختلف را مقایسه کرده و بهترین گزینه را بر اساس معیارهایی مانند بازده، در دسترس بودن مواد اولیه و پیچیدگی مراحل انتخاب کنند.

بررسی جزئیات هر مرحله

با کلیک بر روی هر مسیر سنتزی، می‌توان جزئیات کامل‌تری را مشاهده کرد. این جزئیات شامل مواد اولیه مورد نیاز، معرف‌ها، شرایط واکنش (مانند دما، حلال، کاتالیست)، بازده تخمینی یا واقعی واکنش، و مهم‌تر از همه، منابع علمی (مقالات یا پتنت‌ها) است که هر مرحله از واکنش را تأیید می‌کنند. این قابلیت به پژوهشگران کمک می‌کند تا از اعتبار علمی مسیرهای پیشنهادی اطمینان حاصل کنند.

ذخیره و مدیریت پروژه‌های سنتز برای استفاده‌های آتی

Reaxys به کاربران اجازه می‌دهد تا پروژه‌های سنتز خود را ذخیره کنند. این پروژه‌ها در حساب کاربری کاربر ذخیره شده و در آینده قابل دسترسی و ویرایش هستند. این قابلیت برای پروژه‌های تحقیقاتی طولانی‌مدت که نیاز به بازبینی و بهینه‌سازی مکرر مسیرهای سنتزی دارند، بسیار مفید است. ذخیره پروژه‌ها همچنین امکان به اشتراک‌گذاری آن‌ها با همکاران و بحث در مورد استراتژی‌های سنتزی را فراهم می‌آورد. این بخش از آموزش reaxys، برای محققان بسیار حیاتی است.

Reaxys با ابزارهای قدرتمند خود، به پژوهشگران کمک می‌کند تا از تحلیل داده‌های خام فراتر رفته و به طراحی فعالانه مسیرهای سنتزی و کشف دانش جدید بپردازند، که این خود نقطه عطفی در تحقیقات شیمیایی محسوب می‌شود.

نکات پیشرفته، مقایسه و رفع مشکلات

برای حداکثر بهره‌وری از Reaxys و گسترش افق دید پژوهشی، آشنایی با نکات پیشرفته، مقایسه با سایر پایگاه‌های داده و راهکارهای رفع مشکلات رایج ضروری است. این بخش به تفصیل به این موضوعات می‌پردازد تا کاربران بتوانند از Reaxys به عنوان ابزاری جامع و قدرتمند در تحقیقات خود استفاده کنند.

مقایسه Reaxys با پایگاه‌های داده مشابه (مانند ScienceDirect, Scifinder)

انتخاب پایگاه داده مناسب، گامی مهم در شروع هر تحقیق است. Reaxys، ScienceDirect و SciFinder هر یک مزایا و نقاط قوت خاص خود را دارند. درک تفاوت‌های کلیدی آن‌ها به پژوهشگران کمک می‌کند تا در زمان مناسب، از ابزار صحیح استفاده کنند.

تفاوت‌های کلیدی در محتوا، قابلیت‌ها و مخاطب هدف

Reaxys: در درجه اول یک پایگاه داده واکنش‌ها و ترکیبات شیمیایی است. محتوای آن به شدت بر داده‌های شیمیایی ساختاریافته (واکنش‌ها، خواص، زیست‌فعالیت‌ها) تمرکز دارد. مخاطبان اصلی آن شیمی‌دانان آلی، معدنی، داروسازان و محققان علوم مواد هستند که نیاز به داده‌های دقیق و معتبر در مورد سنتز و خواص ترکیبات دارند. قابلیت سنتز معکوس یکی از نقاط قوت منحصر به فرد آن است.

ScienceDirect: یک پایگاه داده بزرگ از مقالات و کتاب‌های علمی است که توسط الزویر منتشر شده است. گستره موضوعی آن بسیار وسیع‌تر از شیمی است و تمامی رشته‌های علمی را پوشش می‌دهد. تمرکز اصلی آن بر متن کامل مقالات و کتاب‌ها است. مخاطبان آن تمامی پژوهشگران در هر رشته علمی هستند که به دنبال دانلود مقاله و دانلود کتاب کامل و به‌روز هستند.

SciFinder (CAS): پایگاه داده‌ای جامع از ترکیبات شیمیایی و واکنش‌ها است که توسط Chemical Abstracts Service (CAS) ارائه می‌شود. این پایگاه نیز مانند Reaxys، بر شیمی تمرکز دارد و اطلاعات وسیعی از ترکیبات و واکنش‌ها را ارائه می‌دهد. نقاط قوت آن شامل پوشش گسترده از پتنت‌ها و امکان جستجوی پیچیده است. تفاوت اصلی آن با Reaxys در ساختار داده‌ها و رابط کاربری است.

چه زمانی کدام پایگاه را انتخاب کنیم؟ (راهنمای انتخاب استراتژیک)

انتخاب بین این پایگاه‌ها به نوع سؤال پژوهشی شما بستگی دارد:

• Reaxys: بهترین گزینه زمانی است که به دنبال اطلاعات دقیق در مورد سنتز یک ترکیب خاص، خواص فیزیکی و شیمیایی آن، واکنش‌های مرتبط، یا طراحی مسیرهای سنتزی معکوس هستید. اگر هدف شما کشف یا بهینه‌سازی یک فرآیند شیمیایی است، Reaxys ابزار ایده‌آل است.
• ScienceDirect: برای یافتن متن کامل مقالات و کتاب‌ها در طیف وسیعی از رشته‌های علمی، یا برای انجام یک مرور ادبیاتی گسترده در یک حوزه تحقیقاتی، ScienceDirect انتخاب اول است. همچنین اگر به دنبال بهترین سایت دانلود کتاب یا بهترین سایت دانلود مقاله برای دسترسی به محتوای کامل هستید، این پایگاه یک مرجع عالی است.
• SciFinder: برای جستجوهای بسیار جامع و عمیق در شیمی، به ویژه در مورد پتنت‌ها و پوشش تاریخی وسیع، SciFinder ابزاری قدرتمند است.

ویژگی	Reaxys	ScienceDirect	SciFinder (CAS)
تمرکز اصلی	داده‌های ساختاریافته شیمیایی (ترکیب، واکنش، خواص)	مقالات و کتب علمی تمام رشته‌ها (متن کامل)	ترکیبات، واکنش‌ها، پتنت‌ها (پوشش جامع)
پوشش موضوعی	شیمی (آلی، معدنی، دارویی)، بیوشیمی، علوم مواد	تمام رشته‌های علمی (علوم طبیعی، پزشکی، مهندسی، علوم اجتماعی)	شیمی و علوم مرتبط
قابلیت‌های کلیدی	سنتز معکوس، Query Builder، تحلیل خواص	دسترسی به متن کامل، جستجوی پیشرفته متنی	Substructure/Reaction search، پوشش پتنت
نوع اطلاعات	داده‌های عددی، ساختاری، واکنش‌ها، پتنت‌ها، مقالات (خلاصه)	متن کامل مقالات، فصول کتاب، پتنت‌ها (خلاصه)	داده‌های ساختاری، واکنش‌ها، پتنت‌ها، مقالات (خلاصه)
هدف اصلی کاربر	طراحی سنتز، یافتن خواص، کشف واکنش	دسترسی به دانش منتشرشده، مرور ادبیاتی	جستجوی جامع اطلاعات شیمیایی و پتنت

نکات و ترفندهای حرفه‌ای برای حداکثر بهره‌وری

برای تبدیل شدن به یک کاربر حرفه‌ای Reaxys، تسلط بر برخی نکات و ترفندهای پیشرفته می‌تواند تفاوت چشمگیری در سرعت و کیفیت تحقیقات ایجاد کند.

استفاده از Reaxys Thesaurus برای گسترش و پالایش جستجوها

Reaxys Thesaurus یک ابزار ارزشمند است که به کاربران در یافتن مترادف‌ها، اصطلاحات مرتبط، و سلسله‌مراتب مفاهیم کمک می‌کند. با استفاده از Thesaurus، می‌توانید کلمات کلیدی خود را گسترش دهید یا پالایش کنید تا نتایج جامع‌تر یا دقیق‌تری به دست آورید. این قابلیت از محدود شدن جستجو به کلمات دقیق واردشده جلوگیری کرده و ارتباطات معنایی را کشف می‌کند.

ترکیب جستجوهای متنی، ساختاری و پارامتری

قدرت واقعی Reaxys در توانایی ترکیب انواع مختلف جستجو نهفته است. به عنوان مثال، می‌توانید یک جستجوی ساختاری برای یک زیرساختار خاص را با یک جستجوی متنی برای یک کلمه کلیدی خاص (مثل “antioxidant”) و یک جستجوی پارامتری برای محدوده نقطه ذوب (مثلاً ۱۰۰ تا ۱۵۰ درجه سانتی‌گراد) ترکیب کنید. این رویکرد چندوجهی، به شما امکان می‌دهد تا به دقیق‌ترین و مرتبط‌ترین نتایج دست یابید.

بهره‌برداری از اطلاعات پتنت‌ها برای نوآوری

Reaxys پوشش گسترده‌ای از پتنت‌ها را فراهم می‌کند. اطلاعات موجود در پتنت‌ها می‌تواند منبعی غنی برای ایده‌های نوآورانه، کشف مسیرهای سنتزی جدید که هنوز در مقالات منتشر نشده‌اند، یا بررسی وضعیت ثبت اختراع یک ترکیب یا فرآیند باشد. جستجوی دقیق در پتنت‌ها می‌تواند به شما در اجتناب از تکرار تحقیقات و شناسایی فرصت‌های جدید کمک کند.

یکپارچه‌سازی با نرم‌افزارهای مدیریت رفرنس (EndNote, Mendeley)

برای مدیریت مؤثر منابع و رفرنس‌دهی در مقالات و پایان‌نامه‌ها، Reaxys امکان خروجی گرفتن اطلاعات کتابشناختی را در فرمت‌های قابل استفاده توسط نرم‌افزارهای مدیریت رفرنس مانند EndNote یا Mendeley فراهم می‌کند. این یکپارچه‌سازی، فرآیند نوشتن مقالات علمی را ساده‌تر و کارآمدتر می‌سازد.

رفع مشکلات رایج (Troubleshooting)

مانند هر ابزار پیچیده‌ای، ممکن است در استفاده از Reaxys نیز با مشکلاتی مواجه شوید. آشنایی با راهکارهای رفع مشکلات رایج می‌تواند به شما در حل سریع آن‌ها کمک کند.

مشکلات ورود به سایت و دسترسی

اگر در ورود به سایت Reaxys مشکل دارید، ابتدا از صحت نام کاربری و رمز عبور خود اطمینان حاصل کنید. اگر از طریق IP دانشگاه یا VPN سازمانی وارد می‌شوید، از فعال بودن VPN یا اتصال به شبکه دانشگاه اطمینان حاصل کنید. در صورت بروز مشکل با اشتراک‌های تهیه شده از طریق ایران پیپر، با تیم پشتیبانی ایران پیپر تماس بگیرید. همچنین، بررسی تاریخ انقضای اشتراک خود را فراموش نکنید.

مشکلات در نمایش ساختارها یا نتایج

اگر ساختارها به درستی نمایش داده نمی‌شوند یا نتایج به شکل صحیح بارگذاری نمی‌شوند، موارد زیر را بررسی کنید:

• به‌روزرسانی مرورگر: اطمینان حاصل کنید که از آخرین نسخه مرورگر خود استفاده می‌کنید.
• پلاگین‌های مرورگر: برخی پلاگین‌ها ممکن است با نمایش Reaxys تداخل داشته باشند. امتحان کردن مرورگر در حالت ناشناس (Incognito Mode) یا غیرفعال کردن موقت پلاگین‌ها می‌تواند کمک‌کننده باشد.
• تنظیمات فایروال یا پروکسی: اطمینان حاصل کنید که فایروال یا تنظیمات پروکسی شما دسترسی به Reaxys را مسدود نمی‌کند.
• سرعت اینترنت: اتصال اینترنت پایدار و با سرعت مناسب، برای بارگذاری صحیح داده‌های حجیم در Reaxys ضروری است.

پشتیبانی Reaxys

در صورتی که با مشکلات پیچیده‌تر یا سؤالات فنی مواجه شدید، می‌توانید از بخش “Reaxys Help” که اطلاعات جامعی درباره استفاده از پایگاه داده فراهم می‌کند، کمک بگیرید. همچنین، الزویر پشتیبانی فنی برای Reaxys ارائه می‌دهد که می‌توانید از طریق وب‌سایت آن‌ها به آن دسترسی پیدا کنید. برای کاربران ایرانی، ایران پیپر می‌تواند در ارتباط با پشتیبانی و رفع مشکلات مرتبط با دسترسی، کمک‌کننده باشد.

نتیجه‌گیری

Reaxys به عنوان یک پایگاه داده و ابزار تحقیقاتی قدرتمند در حوزه شیمی، نقش بی‌بدیلی در تسریع و بهبود تحقیقات علمی ایفا می‌کند. این پلتفرم با ارائه دسترسی به گستره وسیعی از اطلاعات ترکیبات، واکنش‌ها، خواص، پتنت‌ها و مقالات، به پژوهشگران، دانشجویان و متخصصان امکان می‌دهد تا با کارایی و دقت بالا، به دانش مورد نیاز خود دست یابند. از آموزش استفاده از ریکسیس در سطح مقدماتی تا قابلیت‌های پیشرفته‌ای چون سنتز معکوس، Reaxys یک ابزار جامع برای تمامی مراحل یک پروژه تحقیقاتی شیمیایی است.

قابلیت‌هایی مانند Quick Search برای جستجوهای سریع، Structure Editors برای طراحی دقیق ساختارها، و Query Builder برای ساخت کوئری‌های پیچیده، Reaxys را به ابزاری انعطاف‌پذیر و قدرتمند تبدیل کرده‌اند. ابزار Retrosynthesis به پژوهشگران امکان می‌دهد تا مسیرهای سنتزی را طراحی و بهینه‌سازی کنند، که این خود گامی بلند در نوآوری و توسعه مواد جدید است. همچنین، امکانات مدیریت نتایج، از جمله فیلترینگ پیشرفته و خروجی گرفتن داده‌ها، به سازماندهی و تحلیل مؤثر اطلاعات کمک شایانی می‌کند. برای کاربران ایرانی، ایران پیپر به عنوان راهی مطمئن برای دسترسی به این پایگاه داده ارزشمند و سایر منابع علمی مانند دانلود مقاله و دانلود کتاب عمل می‌کند و نیازهای جامعه علمی را برطرف می‌سازد.

در نهایت، سرمایه‌گذاری در یادگیری و استفاده از Reaxys، یک سرمایه‌گذاری هوشمندانه در مسیر موفقیت علمی و پژوهشی است. با بهره‌برداری کامل از تمامی قابلیت‌های این پلتفرم، می‌توانید تحقیقات خود را به سطح بالاتری ارتقا دهید، در زمان صرفه‌جویی کنید و به نتایج دقیق‌تر و قابل‌اعتمادتر دست یابید. شروع به کاوش در Reaxys کنید و پتانسیل‌های بی‌کران آن را برای پروژه‌های خود کشف نمایید.

سوالات متداول

آیا می‌توان Reaxys را به صورت رایگان برای مدت محدودی امتحان کرد و مراحل آن چگونه است؟

دسترسی رایگان و آزمایشی به Reaxys معمولاً از طریق نمایندگان الزویر یا درخواست سازمانی امکان‌پذیر است؛ برای کاربران فردی، وب‌سایت ایران پیپر ممکن است راهکارهای جایگزین را برای دسترسی اولیه ارائه دهد.

بهترین راهکار برای دانشجویان و پژوهشگران در ایران جهت دسترسی پایدار و مقرون‌به‌صرفه به Reaxys چیست؟

تهیه اشتراک از طریق پلتفرم‌هایی مانند ایران پیپر که امکان پرداخت ریالی را فراهم می‌کنند، مقرون‌به‌صرفه‌ترین و پایدارترین راهکار برای دانشجویان و پژوهشگران در ایران است.

چگونه می‌توان نتایج جستجوی خود را در Reaxys با نرم‌افزارهای مدیریت رفرنس مانند EndNote یا Mendeley همگام‌سازی کرد تا در نوشتن مقالات کارآمدتر بود؟

می‌توانید اطلاعات کتابشناختی نتایج جستجو را در فرمت‌های سازگار با EndNote یا Mendeley از Reaxys خروجی بگیرید و سپس به نرم‌افزار مدیریت رفرنس خود وارد کنید.

آیا Reaxys قابلیت همکاری تیمی (Team Collaboration) روی پروژه‌های تحقیقاتی را فراهم می‌کند و چگونه می‌توان از آن استفاده کرد؟

Reaxys به طور مستقیم ابزارهای همکاری تیمی داخلی را ندارد، اما می‌توانید کوئری‌ها، نتایج، و پروژه‌های سنتزی ذخیره‌شده را به صورت فایل‌های استاندارد خروجی گرفته و با اعضای تیم به اشتراک بگذارید.

تفاوت اصلی و کاربردی بین جستجو در بخش “Substances” و “Targets” در Reaxys چیست و در چه سناریوهایی باید از هر یک استفاده کرد؟

بخش “Substances” برای جستجوی ترکیبات شیمیایی و خواص آن‌ها است، در حالی که “Targets” برای جستجوی اهداف بیولوژیکی (مانند پروتئین‌ها یا ژن‌ها) است که ترکیبات شیمیایی روی آن‌ها تأثیر می‌گذارند؛ از “Substances” برای شیمی سنتزی و خواص مواد و از “Targets” برای تحقیقات دارویی و زیست‌فعالیت‌ها استفاده می‌شود.